Corresponen a la Prefectura de la Policia les funcions següents:
Exercir la direcció estratègica del conjunt d'unitats de la Policia de la Generalitat – Mossos d'Esquadra, llevat d'aquelles amb dependència directa de la Direcció General.
Garantir la unitat de direcció del conjunt de l'organització policial en el compliment de la seva missió i els seus objectius estratègics.
Dur a terme una coordinació jeràrquica eficaç i eficient de les unitats que en depenen.
Exercir la representació institucional de la Policia de la Generalitat – Mossos d'Esquadra.
Garantir, amb el suport del Centre de Comandament de la Prefectura, la presència permanent del comandament per a la gestió i supervisió de dispositius i incidents, quan l'abast d'aquests ho requereixi.
Qualsevol altra funció de naturalesa anàloga que li sigui encomanada.
De la Prefectura de la Policia en depenen:
L'Oficina de Suport de la Prefectura.
El Gabinet de la Prefectura.
L'Oficina del Portaveu.
El Centre de Comandament de la Prefectura
L'Àrea d'Anàlisi, Coneixement i Intel·ligència.
La Comissaria Superior Territorial.
La Comissaria Superior de Seguretat Ciutadana.
La Comissaria Superior Tècnica.
La Comissaria General d'Investigació Criminal.
La Comissaria General d'Informació.
La Comissaria General de les Tecnologies de la Informació i la Comunicació.
La Divisió d'Escortes.