Les funcions de la Comissió Executiva són:

• L’estudi i preparació de les sessions del Plenari. 
• L’execució dels acords del Plenari. 
• L’aprovació del Reglament de règim interior del Museu. 
• L’establiment dels serveis del Museu. 
• L’aprovació, a proposta del director, de la incorporació d’obres artístiques, per compra, donació, dipòsit o qualsevol altre títol destinades al Museu, així com l’aprovació i l’impuls del programa d’activitats del museu, a proposta del director. 
• Contractar, acomiadar i sancionar el personal del Museu. Aquesta funció pot ser delegada en el director. 
• Autoritzar i disposar despeses i reconèixer obligacions. Aquesta funció pot ser delegada al director. 
• Nomenar i revocar els membres de la Comissió d’Assessorament Tècnic. 
• Totes aquelles altres funcions que li encomani o li delegui el Plenari a excepció de les assenyalades als apartats a) b) c) d) e) i) i k) de l’article 8 d’aquests estatuts que són indelegables. 
• Preparar el projecte de pressupost. 
• Qualsevol altra funció que no estigui expressament prevista en aquests Estatuts per a altres òrgans.

La Comissió Executiva està integrada per 5 membres designats pel president:

• un a proposta del Departament de Cultura, que actua com a president
• un a proposta del Bisbat de Lleida
• un a proposta de l’Ajuntament de Lleida
• un a proposta de la Diputació de Lleida
• un a proposta del Consell Comarcal del Segrià

El director assisteix a les reunions, amb veu i sense vot.

Actua com a secretari de la Comissió un tècnic designat per la pròpia Comissió, amb veu i sense vot.