La Secció de Treball Protegit, Ocupacional i Autonomia té les funcions següents:
a) Coordinar i gestionar les accions de foment, orientació i suport a la gestió empresarial dels centres especials de treball i les dels serveis i els programes que estiguin sota la seva coordinació i gestió, fer-ne un seguiment i derivar els informes de resultats i les propostes de mesures i les línies d'actuació.
b) Elaborar les propostes d'ordres de bases i de resolucions de convocatòries dels centres especials de treball i les dels serveis i els programes que estiguin sota la seva coordinació i gestió, així com tramitar les sol·licituds de subvencions i preparar els informes valoratius corresponents.
c) Altres funcions de naturalesa anàloga que li encomanin els seus superiors jeràrquics.