A la Secció de Cooperatives li corresponen les funcions següents:
a) Gestionar el Registre de cooperatives dins el seu àmbit territorial.
b) Instruir, tramitar i qualificar els expedients d'empreses d'economia social des de la seva constitució fins a la seva liquidació.
c) Comprovar les subvencions o qualsevol altra consulta en relació amb les matèries que li corresponen o li encomanin, i informar-ne.
d) Tramitar i elaborar la proposta de resolució dels expedients d'ajuts i subvencions a empreses d'economia social i cooperativa.
e) Fer les anotacions pertinents i gestionar el registre territorial de cooperatives dins el seu àmbit territorial i emetre els certificats corresponents.
f) Instruir, elaborar i tramitar les propostes de resolució en els expedients sancionadors en matèria de cooperatives.
g) Implementar les actuacions relatives als programes de foment de l'economia social i cooperativa.
h) Gestionar el tractament estadístic dels procediments en la seva matèria.
i) Altres funcions de naturalesa anàloga que li encomanin els seus superiors jeràrquics.