Són funcions de la Comissió Permanent:

1. Revisar periòdicament l'estat de desenvolupament de l'Estratègia marítima de Catalunya i elaborar informesanuals per elevar-los al Ple.
2. Fer el seguiment dels plans d'acció que integren l'Estratègia marítima de Catalunya en allò que tingui aveure amb l'espai marítim i elaborar informes per elevar-los al Ple.c) Rebre les propostes de les comissions i establir criteris de priorització per elevar-les al Ple.d) Promoure la col·laboració entre les comissions sectorials i el Consell amb altres organismes.

La composició de la Comissió Permanent del Consell Català de Cogestió Marítima és la següent:

1. La Presidència, que correspon a la persona que exerceix la Vicepresidència del Ple.
2. Dues vocalies en representació de la direcció general competent en matèria de política marítima i pescadesignades per la persona que exerceix la Vicepresidència del Ple amb rang orgànic mínim de cap de Servei.
3. Una vocalia en representació de cada un dels departaments de la Generalitat designada per les personestitulars dels departaments amb rang orgànic mínim de subdirecció.
4. Una vocalia en representació de cadascuna de les comissions sectorials designada per aquestes comissions entre els seus membres.

El secretari o la secretària del Ple assumeix també la Secretaria de la Comissió Permanent.