Vetllar per l'aplicació de la normativa referent a hàbitats, espais protegits i espècies protegides.
Coordinar la gestió dels espais naturals protegits i els seus programes d'actuació, d'acord amb les funcions que pugui encomanar la Subdirecció General de Biodiversitat i Medi Natural.
Elaborar els informes ambientals integrats del vector medi natural dels projectes i actuacions que afectin espais naturals protegits o que siguin objecte d'avaluació ambiental estratègica o d'avaluació d'impacte
ambiental.
Coordinar l'aplicació dels diferents plans de conservació i seguiment d'espècies de flora i fauna en l'àmbit del servei territorial, llevat les espècies cinegètiques i piscícoles.
Qualsevol altra funció de naturalesa anàloga que se'ls encomani.