La Junta Rectora exerceix les funcions de participació, consulta i tutela de la gestió i, així mateix, vetlla pel compliment de la normativa reguladora del Parc Natural, proposa normes i actuacions per a una eficaç defensa dels valors ecològics i per al desenvolupament sostenible en l'àmbit del Parc Natural.
 
Són funcions específiques de la Junta Rectora:
a) Establir, d'acord amb les disposicions reguladores del Parc Natural, directrius per exercir-ne la gestió.
b) Proposar el programa d'actuació i la memòria anual de gestió.
c) Proposar el pressupost anual d'acord amb les prioritats d'inversions en infraestructures i serveis dins l'àmbit del Parc Natural.
d) Coordinar les actuacions de les administracions representades que puguin afectar l'espai protegit, i fer-ne el seguiment.
e) Ésser consultada amb caràcter preceptiu prèviament a l'aprovació de les disposicions, els plans i els programes que es formulin per al Parc Natural.
f) Proposar i promoure mesures i actuacions per a la millor protecció del Parc Natural, per al foment del coneixement i el gaudi ordenat dels seus valors, per a l'afavoriment de les activitats tradicionals, entre elles, les agrícoles, ramaderes i forestals, i per al desenvolupament local sostenible.
g) Proposar, si escau, un grau de protecció més alt per als espais que ho requereixin i proposar la declaració de noves figures de protecció o la modificació de les que estableix la Llei de creació del Parc.

 La Junta Rectora està integrada pels membres següents:

Una persona representant de cada un dels ens locals següents:
a. Ajuntament de Torroella de Montgrí
b. Ajuntament de Pals
c. Ajuntament de Bellcaire d'Empordà
d. Ajuntament de l'Escala
e. Ajuntament de Palau-sator
f. Ajuntament d'Ullà
g. Ajuntament de Fontanilles
h. Ajuntament de Gualta

Una persona representant de cada una de les entitats i organitzacions següents:
a. Unió de Pagesos
b. Joves Agricultors i Ramaders de Catalunya
c. Institut Agrícola Català Sant Isidre
d. Comunitat de Regants Presa de Colomers i Col·lectivitat Mas Duran
e. Comunitat de Regants Molí de Pals
f. ADV Arròs de Pals
g. Associació Turística de Pals
h. Plataforma Defensem Catalunya
i. Federació Catalana de Caça
j. Club Nàutic Estartit
k. Estació Nàutica de l'Estartit
l. Associació d'Empreses d'Activitats Subaquàtiques
m. Associació Gent del Ter
n. Fòrum l'Escala-Empúries
o. Càtedra d'Ecosistemes Litorals Mediterranis
p. Departament de Ciències Ambientals de la Universitat de Girona
q. Confraria de Pescadors de l'Estartit
r. Fundació Mas Badia
s. Cambra de Comerç de Girona (Delegació del Baix Empordà)
t. Associació Masos de Torroella, de Montgrí i l'Estartit (AMTE)
 
Representants de la Generalitat i altres administracions públiques:
a. Una persona representant del departament competent en matèria de medi natural.
b. Una persona representant del departament competent en matèria d'agricultura.
c. Una persona representant del departament competent en matèria de pesca i afers marítims.
d. Una persona representant del departament competent en matèria d'empresa.
e. Un representant del departament competent en matèria de planificació ambiental.
f. Un representant del departament competent en matèria d'urbanisme.
g. Un representant del departament competent en matèria de ports i costes.
h. Una persona representant del departament competent en matèria de cultura.
i. Una persona representant del departament competent en matèria de turisme.
j. Una persona representant del ministeri competent en matèria de marina mercant (capitania).
k. Una persona representant del Consell Comarcal del Baix Empordà.
l. Una persona representant del Consell Comarcal de l'Alt Empordà.

La representació en el si de la Junta Rectora no és nominal, sinó per institució.

El president o la presidenta de la Junta Rectora és nomenat/da per resolució del conseller o la consellera competent en matèria de medi natural d'entre els seus membres, a proposta de la Junta Rectora.

El director o la directora del Parc Natural, que actua amb veu però sense vot, fa les funcions de secretari o secretària de la Junta Rectora.

• DECRET 6/2014, de 14 de gener, de creació de la Junta Rectora del Parc Natural del Montgrí, les Illes Medes i el Baix Ter.
  (DOGC núm. 6541)
  
  
• LLEI 15/2010, del 28 de maig, de declaració del Parc Natural del Montgrí, les Illes Medes i el Baix Ter, de dues reserves naturals parcials i d'una reserva natural integral. (DOGC núm. 5642)
  
  
• DECRET 222/2008, d'11 de novembre, pel qual s'aprova el Pla rector d'ús i gestió de l'àrea protegida de les illes Medes. (DOGC núm. 5258)