Elaborar directrius relatives a la biodiversitat i la planificació ambiental del medi natural terrestre i marí, desenvolupar la gestió dels espais naturals protegits, i executar els plans i programes relatius a aquestes matèries, previstos per la normativa sectorial.
Portar a terme els instruments de planificació i gestió integral dels espais naturals protegits, així com de la connectivitat ecològica i de la protecció dels hàbitats, les espècies, el patrimoni geològic i el foment de la custòdia del territori.
Avaluar el grau de conservació i de protecció de la biodiversitat, els espais naturals protegits i assumir-ne la restauració i millora.
Dissenyar i executar el desplegament del sistema d'espais naturals protegits de Catalunya mitjançant el Pla d'espais d'interès natural i la xarxa Natura 2000 i gestionar el sistema d'informació sobre el medi natural i la biodiversitat.
Aplicar les directrius i les polítiques i coordinar l'actuació del Departament amb els organismes i institucions implicats en matèria d'espècies silvestres.
Tramitar els procediments sancionadors que pertoquin en l'àmbit de les seves competències.
Establir, conjuntament amb la Subdirecció General dels Agents Rurals, els protocols de coordinació necessaris per garantir la vigilància en matèria d'espais naturals i biodiversitat.
Qualsevol altra funció de naturalesa anàloga que se li encomani.