El Govern, pot crear, en el si d'un departament, secretaries sectorials, si l'especificitat o la complexitat tècnica o organitzativa d'un determinat àmbit material ho requereix, i a les quals s'han d'atribuir les funcions que siguin determinades per reglament, àdhuc les que per llei s'hagin atribuït específicament a una direcció general. Aquests càrrecs estan subjectes a la direcció superior del titular del departament i depenen del secretari general en totes les funcions d'aquest que no els hagin estat atribuïdes.
Les secretaries sectorials tenen rang orgànic de secretaria general.